最初のシーンはそのままで、創造主との語りをそのままエリザベスに伝え、前回のプロメテウスの話と大オチを話す。
その後ウォルターが起きて(まるで夢を見てたかのごとく)脈絡なくコヴェナントが故障して、全員がコールドスリープから目覚める。その時キャプテンが怪我してラストの最後の晩餐手前まで気を失う。
エンジニアの宇宙船近くで不時着して、宇宙船探索チームとエンジニアの居住地探索チームに分かれる事を提案した。宇宙船探索チームはネオモーフのホストになり、居住地探索チームの内、キャプテンがゼノモーフのホストになる。デイヴィッドが居住地探索チームと出会い、コヴェナントの修理を依頼(あちこち探ってたキャプテンがフェイスハガーを喰らう)そしてコヴェナントに戻る、一緒にコヴェナント直してる内にネオ、ゼノモーフのホスト達が体調を崩す、宇宙で一晩過ごすとホストの体調が戻る。最後の晩餐しながらネオ、ゼノモーフのバスターが始まる、ウォルターがデヴィッドを例の場所に案内する、1のオマージュエンドから大オチはそのまま。